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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已显现出大范围的生物制品抗逆性，包涵抗肺部肿瘤和抗虫毒功能。常常，三萜是在甲羟戊酸路线制作而成的，并从本身动植物和白色念珠菌中导入。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上刊登了发表文章“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的学习综述。该学习挖掘三萜类无机化合物野生虫草酸（GA）是经由液态体培养教育的无柄野生虫草菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的微微生物转变成引起的。在转录组和蛋白质酶质组学的技术应用进两步研究无柄野生虫草菌丝体中DHT引起两大类野生虫草酸（GA）的制度，并要根据两组学的技术应用的检测到的相互影响遗传基因和相互影响蛋白质酶，推算DHT 微微生物镶嵌 GA 的经过。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录类物质析和系统类别

完成对无柄虫草白色念珠菌菌丝体采取转录组测序共能够得到67230个转录本和14293个单染色体遗传组。在以下单染色体遗传组中，49俩被鉴定会为差异化体现染色体遗传组（DEGs），在其中的213个体现上涨，279个体现上涨（图1A）。GO含有探讨后，DEGs分成动物进程（BP）、组织物质（CC）和分子式功能表（MF）3类。在BP专业品目中，经常出现了前这3个子专业品目：抗菌药被分解转换成消化吸收进程，冰醋酸盐消化吸收进程和甲酸盐消化吸收进程;而在CC专业品目中，组织外区、突触塑料体、突触架构是前这3个亚类。而言MF专业品目，甲酸脱氢酶（NAD）化学活化、空气氧化保存酶化学活化和酸氨（或酰胺）进行连接酶化学活化是前这3个亚专业品目（图1B）。在DEGs的KEGG通道探讨中，前30条含有度最大的通道中含27条算是消化吸收，在其中的丁烷消化吸收、乙醛酸盐和二羧酸盐消化吸收、丙酸盐消化吸收信息通道差异性含有（图1D）。

图1|转录成分析和模块的分类

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

实现对无柄灵芝粉病菌菌丝体来参与血清酶质组学介绍，总计有断定了16,457种独家肽、2606种血清酶质和2588种化学发光法血清酶质。在阈值法|FC|>1.2和p<0.05的选择前提条件下，徘徊2606种血清酶质中，94种被鉴别为地域差异化呈现血清酶（DEPs），在这中仅52种调整，42种下降（图2A），图2C凸显了地域差异化呈现血清酶的聚类浅析介绍热图。从GO介绍看看，BP类属凸显，绝大部分数DEPs参与的乙酸盐消化吸收方式、抗菌素分离消化吸收方式和类药物分离消化吸收方式。CC类DEPs在内部外区、过硫化物酶体和微体中增长率最大，硫化还原成酶活性酶类氧和甲酸脱氢酶（NAD）活性酶类氧在MF类中DEPs的基数最大（图2B）。与转录组然而相仿，KEGG通道介绍凸显，不少DEPs在消化吸收中丰度，在这中仅3条最丰度的途经是光合怪物中的碳不变、碳消化吸收和MAPK卫星信号通道（图2D）。虽然，实现介绍GO数据显示库的CC对DEPs来参与亚内部精确定位介绍和注音（图2E），DEPs最关键的地域分布在内部质（40.66%）、内部膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），理论体系上是GAs怪物制成的最关键的定位。

图2|血清质组的参考值具体分析和特点验证通过

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

维持生计物转化率和对应组待选DEGs和DEPs做成了维恩图，有20个差异化传达表观遗传（图3A）。对转录组和淀粉酶质组中E组和C组共得的DEGs/DEPs做聚类分享分享，发展mRNA和淀粉酶质两者有1五个上浮表观遗传和五个上涨表观遗传，DEGs和她翻泽的DEPs传达级别呈正有关，对于Pearson的有关指数分享，在转录组和淀粉酶质组两者加测到相对性较高的有关性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）查重然而提示，E组和C组14个DEGs的表答水准不相同性更为明显，在这当中9个为调涨DEGs，两个为再降DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的表答态势与转录多组分析然而相同。

图3|淀粉酶质组的一定量分享和模块效验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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